Blick ins Buch

Detection of pathogenic infections in neurological disorders through recycling of gene expression data

Anna-Maria Liebhoff (Autor)

Buch

142 Seiten

2021
Cuvillier Verlag
978-3-7369-7409-8 (ISBN)

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For increasing the knowledge about small RNA an online platform was built in this thesis, homogenizing the analysis of sequencing data from over 4,000 samples collected in different laboratories worldwide from various organisms. Consequentially, tissue and disease specific biomarkers were detected and evidence was found for bacterial and viral infections of the sequenced tissues. This motivated the development of an algorithm for analyzing non-host RNA sequencing reads for detecting pathogenic abundance in the host. Focusing on neurological diseases, bacterial presence is suggested in brains of dementia patients. The platform and the algorithm can help scientists to add important leads to their own studies. In dieser Arbeit wurde eine Online-Plattform für small RNA entwickelt, die die Analyse der Sequenzierungsdaten von über 4.000 weltweit gewonnenen Proben verschiedener Organismen homogenisiert. Mit ihr wurden gewebe- und krankheitsspezifische Biomarker gefunden, sowie Hinweise auf bakterielle und virale Infektionen der sequenzierten Gewebe. Dies motivierte die Entwicklung eines Algorithmus für die Analyse von Nicht-Wirts-RNA-Sequenzierungsdaten zum Detektieren von Pathogenen. Bei einer Fokussierung auf neurologische Erkrankungen wurde bakterielle Präsenz im Gehirn von Demenzpatienten detektiert. Die Plattform und der Algorithmus können der Wissenschaft behilflich sein, neue Studien mit wichtigen Informationen zu verbessern.

Erscheinungsdatum	23.06.2021
Verlagsort	Göttingen
Sprache	englisch
Maße	148 x 210 mm
Themenwelt	Mathematik / Informatik ► Informatik
	Medizin / Pharmazie ► Medizinische Fachgebiete ► Mikrobiologie / Infektologie / Reisemedizin
	Studium ► 2. Studienabschnitt (Klinik) ► Humangenetik
	Naturwissenschaften ► Biologie ► Biochemie
Schlagworte	algorithm development • Algorithmen • Alzheimer • Analyse-Pipelines • analysis pipelines • Bacteria • Bakterien • Bioinformatics • Bioinformatik • biological ontologies • Biological Samples • Biologische Ontologien • biologische Proben • blood-brain-barrier • Blut-Hirn-Schranke • brain • Burkholderia Stabilis • complementary DNA • Database System • Data recycling • Data Science • Datenbanksystem • Datenintegration • Datenwissenschaft • differential expression analysis • differenzielle Expressionsanalyse • Erreger • Frontotemporal dementia • frontotemporale Demenz • Gehirn • gene expression • Genetics • Genetik • Genexpression • Gewebespezifität • human tissue samples • Hypothesengenerierung • Hypothesis generation • in silico • Klassifizierungsverfahren • komplementäre DNA • Kraken • machine learning • Maschinelles Lernen • Medicine • Medizin • Menschliche Gewebeproben • Metadata • Metadaten • Metagenomics • Metagenomik • Microbiology • Mikrobiologie • mRNA Boten-RNA • mRNA messenger RNA • neurodegenerative diseases • Neurodegenerative Krankheiten • online plattform • ontological search • Ontologische Suche • Parkinson’s • Parkinson’s disease • Pathogene • Pathogens • Pathonoia • random forest • REST APIs • RNA Sequencing • RNA Sequenzierung • Sea • Sets • small RNA • Systembiologie • systems biology • Tissue specificity • unkorrelierte Entscheidungsbäume • Viren • Viruses • Web application
ISBN-10	3-7369-7409-4 / 3736974094
ISBN-13	978-3-7369-7409-8 / 9783736974098
Zustand	Neuware