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Predicting the Lineage Choice of Hematopoietic Stem Cells (eBook)

A Novel Approach Using Deep Neural Networks

(Autor)

eBook Download: PDF
2016 | 1st ed. 2016
XV, 68 Seiten
Springer Fachmedien Wiesbaden GmbH (Verlag)
978-3-658-12879-1 (ISBN)

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Predicting the Lineage Choice of Hematopoietic Stem Cells - Manuel Kroiss
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Manuel Kroiss examines the differentiation of hematopoietic stem cells using machine learning methods. This work is based on experiments focusing on the lineage choice of CMPs, the progenitors of HSCs, which either become MEP or GMP cells. The author presents a novel approach to distinguish MEP from GMP cells using machine learning on morphology features extracted from bright field images. He tests the performance of different models and focuses on Recurrent Neural Networks with the latest advances from the field of deep learning. Two different improvements to recurrent networks were tested: Long Short Term Memory (LSTM) cells that are able to remember information over long periods of time, and dropout regularization to prevent overfitting. With his method, Manuel Kroiss considerably outperforms standard machine learning methods without time information like Random Forests and Support Vector Machines.

After finishing his MSc in Bioinformatics, Manuel Kroiss moved to London to work for a computer science company. In his work, the author is focusing on algorithmic problem solving while still remaining interested in applied machine learning.

After finishing his MSc in Bioinformatics, Manuel Kroiss moved to London to work for a computer science company. In his work, the author is focusing on algorithmic problem solving while still remaining interested in applied machine learning.

Machine Learning – Deep Learning.- Training Neural Networks.- Recurrent Neural Networks.- Stem Cell Classification Using Microscopy Images.

Erscheint lt. Verlag 12.5.2016
Reihe/Serie BestMasters
BestMasters
Zusatzinfo XV, 68 p.
Verlagsort Wiesbaden
Sprache englisch
Themenwelt Naturwissenschaften Chemie Organische Chemie
Technik
Schlagworte deep neural networks • hematopoietic stem cells • machine learning • predict lineage choice • Recurrent Neural Networks
ISBN-10 3-658-12879-8 / 3658128798
ISBN-13 978-3-658-12879-1 / 9783658128791
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