Comparative Gene Finding (eBook)
XX, 382 Seiten
Springer London (Verlag)
978-1-4471-6693-1 (ISBN)
This book presents a guide to building computational gene finders, and describes the state of the art in computational gene finding methods, with a focus on comparative approaches. Fully updated and expanded, this new edition examines next-generation sequencing (NGS) technology. The book also discusses conditional random fields, enhancing the broad coverage of topics spanning probability theory, statistics, information theory, optimization theory and numerical analysis. Features: introduces the fundamental terms and concepts in the field; discusses algorithms for single-species gene finding, and approaches to pairwise and multiple sequence alignments, then describes how the strengths in both areas can be combined to improve the accuracy of gene finding; explores the gene features most commonly captured by a computational gene model, and explains the basics of parameter training; illustrates how to implement a comparative gene finder; examines NGS techniques and how to build a genome annotation pipeline.
IntroductionSingle Species Gene FindingSequence AlignmentComparative Gene FindingGene Structure SubmodelsParameter TrainingImplementation of a Comparative Gene FinderAnnotation Pipelines for Next Generation Sequencing Projects
| Erscheint lt. Verlag | 13.4.2015 |
|---|---|
| Reihe/Serie | Computational Biology | Computational Biology |
| Zusatzinfo | XX, 382 p. 81 illus. |
| Verlagsort | London |
| Sprache | englisch |
| Themenwelt | Mathematik / Informatik ► Informatik |
| Naturwissenschaften ► Biologie ► Biochemie | |
| Naturwissenschaften ► Biologie ► Genetik / Molekularbiologie | |
| Schlagworte | algorithms • Bioinformatics • Biological sequence analysis • comparative genomics • Computational Biology • Computational Gene Finding • genes • Genetics • Information Theory • sequence alignment |
| ISBN-10 | 1-4471-6693-0 / 1447166930 |
| ISBN-13 | 978-1-4471-6693-1 / 9781447166931 |
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